2000-е

В 2000-е годы продолжается реконструкция Сквера Памяти Героев. В это время дорожки Сквера были выложены брусчаткой. На могиле М.А.Егорова установлен бронзовый бюст. В 2006 году вдоль крепостной стены была размещена Аллея городов-героев. На крепостной стене появились новые скрижали, посвященные воинским соединениям, отличившимся в боях на Смоленской земле в годы Великой Отечественной войны,  в дополнение к 11-ти чугунным.

В 2000-е годы заведующей музеем «Смоленщина в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг.» стала Людмила Николаевна Макаренкова. В это время в музее появляются новые формы работы. Среди них важное значение имеет Электронный Архив Памяти, в котором размещены материалы участников Великой Отечественной войны – участников боевых действий, партизан, подпольщиков, тружеников тыла, узников фашистских концлагерей, гетто и воинов-интернационалистов.

С 2006 года музей начинает тесное сотрудничество с историческим театром «Порубежье», руководителем которого является А.М.Целуев. С этого времени на площадках музея проходят театрализованные представления, посвященные событиям Великой Отечественной войны.

В 2000-е годы в музей поступает огромное количество запросов о судьбах людей, погибших или пропавших без вести на территории Смоленской области.

К концу первого десятилетия XXI века назрела необходимость в ремонте здания, замене устаревшего музейного оборудования и реэкспозиции. В 2012 году музей закрывается на ремонт.